В январе 1943 года поступил в центральную школу инструкторов снайперского дела - курсант. С августа по сентябрь 1943 года, с января по февраль 1945 года, с апреля по май 1945 года участвовал в боях Великой Отечественной войны в составе 290 стрелкого полка стрелковой роты - старшиной. В Великой Отечественной войне 19 августа 1943 года был легко ранен в правую ногу и 29 января 1945 года легко ранен в левую ногу.
В ходе войны Сергей Иванович вместе со своим отрядом переправлялся через реки Орду и Вислу, воевал в Варшаве, Чехославакии. Затем прошёл через Карпаты и Судеты в Берлин.
В июле 1944 года переведён в 290 стрелковый полк - старшена роты. Уволен по демобилизации 1 апреля 1947 на основании Указа президента Верховного Совета СССР от 4 февраля 1947 года.
На войне в сражении он получил тяжелейшую рану - осколок от мины, которая осталась на всю жизнь и в последсвтвие повлияла на его здоровье.
1 мая 1946 год. На квартире у австрийца. Слева направо Сергей Рукомойников, Георгий Иванов, Василий Конев, Поля - хозяйка квартиры, Пётр Яковлев.
